本校前身创办于1912年（明治45年），创始人森Wasa认为精神教育是女子教育的当务之急。她以真挚的思想基础教育、有潜力的教育、真正对社会有用的人才教育为目标，在神户市兵库区设立私立森裁缝女子学校。森Wasa在建校后坚持刻苦钻研学术，努力提高自身修养，以自强不息的精神，致力于培养具有日本传统妇女美德的女性教育。由于她的不懈努力，办学一帆风顺，1918年（大正7年），学校更名为私立森女子学校。为了应对第一次世界大战后的社会形势，1923年（大正12年）同时开设私立森女子高中，进一步加大力度开展女子教育。1936年（昭和11年）在神户市兵库区会下山町开设新校址，新校舍落成后搬迁。在严酷的战争时期，她依然恪守女子教育的信念。

二战后，由于学制变化，学校改为神户森高中与神户森初中，并变更组织，成立学校法人。其后，校方继承创办人的办学精神，致力于学校的发展壮大，并继续为战后的女子教育做贡献。

1951年（昭和26年），在创办大学的条件渐趋成熟的背景下，以完善的学校设施与神户市内几乎没有女子大专以上的夜间教育机构等理由，向日本教育部（现文部科学省）申请设置家政系二部（夜间课程），并于次年1952年（昭和27年）3月获得批准，开设了神户森女子短期大学（大专）。

1966年（昭和41年），森茂树作为第一任校长，在神户市垂水区伊川谷町（现神户市西区伊川谷町）开设了神户学院大学。建校之初，作为单科大学设立了营养学院，这是日本第一所男女共校的营养学院。本校引以为豪的是这一举措具有先见之明与独创性。后来，我校于1967年成立了法学院和经济学院；1972年成立了药学院；1990年成立了人文科学学院；2004年成立了工商管理学院；2005年成立了综合康复训练学院。进而于2014年增设了现代社会学院，2015年增设了国际交流学院，2018年增设了心理学院，2019年增设了心理学研究生院，已发展壮大成为拥有10个学院、8个研究生院，兼顾人文、社会、自然科学的神户市规模最大、文理融合型私立综合大学。

2019年秋天，为了扩充完善教育设施及课外活动设施，本校开设了港岛第2校区，为进一步完善学习环境再注活力。此外，本校在毗邻以“神户门户”著称的JR三之宫站的商业设施里，开设了“神户三宫Satellite”学习机构。面向普通市民及社会人士开设讲座或研讨会，通过提供生涯学习的平台，致力于为地区社会贡献应有的力量。